Kasus penghilangan paksa di Aceh tak pernah diakui pemerintah Indonesia. Aksi para ibu Argentina di masa junta militer telah mendorong PBB menetapkan konvensi anti penghilangan paksa pada tahun 2006.
Tentara dan polisi terlibat dalam operasi pengejaran penebang liar. Tapi mereka juga menembak kerbau, merusak sepeda motor, dan membakar pondok kebun warga.
Pelaku utama pembunuhan Teungku Bantaqiah, putra, dan para santrinya menghilang. Sebelum dayahnya diserbu tentara, Bantaqiyah dituduh mengedar ganja, menyebar ajaran sesat, dan terlibat GAM.
Setelah perdamaian di Aceh mencapai tahun ketiga, kasus-kasus penghilangan orang secara paksa di masa konflik tetap tak terselesaikan. Padahal penghilangan paksa merupakan kejahatan kemanusiaan yang terberat.
Jenazah dua warga yang ditembak TNI di masa konflik, ditemukan tiga tahun setelah kejadian oleh keluarga mereka. Pelakunya tak terjerat hukum.
Sekitar 2500 guru sekolah dibantai di Gayo, karena dituduh PKI. Warga yang akan dieksekusi bahkan mengira PKI adalah singkatan dari Persatuan Ketoprak Isaq. Istilah "tilok wan opoh kerong" atau "menunjuk dari balik kain sarung" sangat populer untuk menggambarkan siapa saja bisa disebut PKI.
Kesan orang Aceh terhadap kematian mantan presiden Soeharto. Ada yang mengatakan di masa Soeharto, keadaan lebih aman. Ada juga yang mengatakan bahwa Soeharto telah menghancurkan Aceh dan keluarganya harus minta maaf.
Enam belas warga desa Jambo Keupok, Aceh Selatan, dibakar Tentara Nasional Indonesia pada tahun 2003. Dua belas orang di antaranya dibakar hidup-hidup.
Tengku Bantaqiah, putra, dan santrinya dibantai pasukan Indonesia delapan tahun lalu. Sang tengku menolak bergabung dengan Majelis Ulama Indonesia, dituduh menyebar aliran sesat dan dianggap terlibat Gerakan Aceh Merdeka.